Wilayah hukum Pengadilan Tata Usaha Negara Kendari terbagi atas 15 wilayah kabupaten dan 2 Kota yaitu :

  1. Kabupaten Bombana
  2. Kabupaten Buton
  3. Kabupaten Buton Selatan
  4. Kabupaten Buton Tengah
  5. Kabupaten Buton Utara
  6. Kabupaten Kolaka
  7. Kabupaten Kolaka Timur
  8. Kabupaten Kolaka Utara
  9. Kabupaten Konawe
  10. Kabupaten Konawe Kepulauan
  11. Kabupaten Konawe Selatan
  12. Kabupaten Konawe Utara
  13. Kabupaten Muna
  14. Kabupaten Muna Barat
  15. Kabupaten Wakatobi
  16. Kota Bau-Bau
  17. Kota Kendari